Potrivit structurii organizatorice aprobate, Departamentul are în componența sa patru subdiviziuni structurale: Secția tarife și analize, Secția investiții, Secția reglementări și Secția energie regenerabilă.
Secția tarife și analize asigură elaborarea proiectelor tarifelor și prețurilor aplicabile activităților reglementate în domeniul energiei electrice și regenerabile, conform legislației și actelor normative în vigoare, în baza analizelor și monitorizărilor efectuate în procesul activității curente a Departamentului și a solicitărilor parvenite.
Secția investiții se axează pe examinarea proiectelor planurilor de investiții în aspectul tehnic al acestora, examinarea pe teren a investițiilor planificate pentru a stabili necesitatea efectuării, verificarea selectivă pe teren a investițiilor efectuate de către titularii de licențe conform planurilor aprobate și înaintarea propunerilor către Consiliul de Administrație.
Secția reglementări elaborează proiectele de acte normative în domeniul energiei electrice și regenerabile, consultă opinia tuturor părților interesate și examinează recomandările experților pe marginea proiectelor de acte normative, acordă asistență metodologică titularilor de licențe în procesul de armonizare a reglementărilor proprii cu actele normative adoptate de Agenție.
Secția energie regenerabilă asigură exercitarea atribuțiilor ANRE în domeniul energiei regenerabile, inclusiv prin elaborarea și promovarea proiectelor de hotărâri privind acordarea sau retragerea statutului de producător eligibil mic, instituirea și actualizarea listelor producătorilor eligibili mici, ținerea registrului garanțiilor de origine.